Program Kerja UKS MTs Negeri Seyegan tentu tidak bisa lepas dari Tri Program UKS yaitu :
1. Pendidikan Kesehatan : Meliputi
a. Adanya mata pelajaran Penjaskes di setiap kelas.
b. Penyuluhan PHBS
c. Penyuluhan Kespro
d. Penyuluhan Narkoba
e. Penyuluhan makanan Sehat dan gizi
f. Pelatihan Kader Keeehatan Sebaya
g. Pelatihan PMR
h. Lomba Kebersihan Kelas
i. Pelatihan Guru UKS
j. Penyuluhan Kantin Sehat
k. Pemasangan poster poster kesehatan
l. Cuci tangan bersama
m. Pembentukan petugas piket
2. Pelayanan Kesehatan meliputi :
a. Senam Sabtu Sehat
b. Ukur berat dan tinggi badan
c. Pelayanan kamar yang dilengkapi dengan : 6 bed-rest yang nyaman, galon, WC dalam dan washtafel.
d. Pelayanan obat,minum, minyak gosok,obat luka, gatal, tensi, tes mata, tetes mata, alat bantu pernafasan
dan lain lain setiap hari
e. Screening kelas 7
f. Cek kelayakan air
3. Kesehatan lingkungan Madrasah
1. Ada kran di setiap kelas dan ruang
2. Ada Washtafel dan sabun
3 Ada taman di setiap depan kelas dan ruang
4. Ada taman air mancur dan kolam di depan perpustakaan
5. Ada Kebun Herbal atau apotik Hidup
6. Ada Kebun organik atau warung hidup
7. Ada tempat sampah tertutup di setiap ruang dan di luar ruang
8. Ada tempat pemilahan sampah
9. Ada tempat pembuangan sampah akhir
10. Berlangganan Pembuangan sampah akhir
11.Ada cleaning servis
12. Ada petugas pengecekan jentik nyamuk seminggu sekali
13. Ada kantin sehat
14. WC mencukupi dan dipilah.